Установка:
cd /usr/ports/net-mgmt/nagios
make install clean
Оставляем все по умолчанию (по-умолчанию не выбрано ничего :) ), единственное, что выключил это поддержка ipv6
cd /usr/local/etc/nagios/
делаем резервную копию всех конфигов, и переименовываем их из *.cfg-sample в *.cfg
Настройка:
Пробуем запустить: sh /usr/local/etc/rc.d/nagios start
Делаем виртуальный хост в apache: например это файл /usr/local/etc/apache22/extra/httpd-vhosts.conf

<VirtualHost *:80>
    ServerAdmin [email protected]
    ServerName nagios.domain.local
    DocumentRoot "/usr/local/www/nagios/"
    <Directory /usr/local/www/nagios/cgi-bin>
        Options ExecCGI
    </Directory>
    ScriptAlias /nagios/cgi-bin/ /usr/local/www/nagios/cgi-bin/
    Alias /nagios/ /usr/local/www/nagios/
    ErrorLog "/var/log/httpd/nagios-error_log"
    CustomLog "/var/log/httpd/nagios-access_log" common
</VirtualHost>

далее добавляем Basic http-авторизацию и настраиваем хосты которые будут мониторится
В nagios.cfg раскоментируем:

cfg_dir=/usr/local/etc/nagios/servers

Т.е. в папке servers будут находиться файлы с описанием хостов, например server1.cfg

define host{
        use                     freebsd-server
        host_name               server1
        parents                 localhost
        alias                   server1.domain.local
        address                 172.16.5.20
        }
define service{
        use                             local-service
        host_name                       server1
        service_description             PING
        check_command                   check_ping!100.0,20%!500.0,60%
        }

Другие службы смотрим по примеру в localhost.cfg
Также в localhost.cfg комментируем:

#define hostgroup{
#        hostgroup_name  freebsd-servers ; The name of the hostgroup
#        alias           FreeBSD Servers ; Long name of the group
#        members         localhost       ; Comma separated list of hosts that belong to this group
#        }

и создаем в паке servers файл groups.cfg где описываем необходиммые нам группы по примеру того что закомментировали, в секции members через запятую хосты, принадлежащие данной группе.
после изменений делаем sh /usr/local/etc/rc.d/nagios restart