Допустим мы имеем хостинг-аккаунт на 1 домен без прав создавать дополнительные домены, но с возможностью создавать определенное количество или неограниченное количество паркованных доменов. Домены паркуются на корневой каталог веб-содержимого, т.е. public_html и изменить это мы не можем (если бы могли, то можно было бы парковать разные домены на public_html/site1, public_html/site2 и т.д. и проблема бы решилась сама собой).
Используя mod_rewrite:
В корне (public_html) в файле .htaccess

RewriteEngine on

RewriteCond %{HTTP_HOST} ^site1.*
RewriteRule ^(.*)$ /site1/$1 [L]

RewriteCond %{HTTP_HOST} ^site2.*
RewriteRule ^(.*)$ /site2/$1 [L]

Также в папках site1 и site2 файлы .htaccess с содержимым

RewriteEngine on

Подробнее: Например основной наш домен primary.com
Паркуем домены site1.ru и site2.ru
В корне сайта primary.com есть еще папки site1 и site2 с соответствующими сайтами.
Теперь например когда запрашиваемый URL будет содержать site1 будет открываться содержимое папки /site1, т.е. site1.ru = primary.com/site1/