В wincmd.ini (по умолчанию в Windows 10 находится c:\Users\Konstantin\AppData\Roaming\GHISLER\wincmd.ini )
в секции [Configuration]

1. установить значение 0 у параметра SortDirsByName=0
2. добавить параметр SortDirExt=1

Для назначения горячих клавиш дописываем в секцию Shortcuts, например переименование файлов по F2 и показ скрытых файлов по F12

[Shortcuts]
F2=cm_RenameOnly
F12=cm_SwitchHidSys

полный список можно посмотреть выполнив Конфигурация -> Настройка -> Разное -> Переопределить горячие клавиши -> Выбираем любую клавишу и жмем на увеличительное стекло напротив поля «Команда»
Также, как пример, чтобы при переименовании по умолчанию было выделено только имя файла без расширения дописываем в секцию Configuration:

[Configuration]
RenameSelOnlyName=1