Установка прав для всех файлов 644:
find /some_dir -type f -exec chmod 644 {} \;
find /some_dir -type f | xargs chmod 644
find /some_dir -name '*.cgi' -type f | xargs chmod 755 — например для файлов с расширением cgi.

Установка прав для всех папок 755:
find /some_dir -type d -exec chmod 755 {} \;
find /some_dir -type d -exec chmod 0755 {} ';'
find /some_dir -type d | xargs chmod 755