В конкретном случае меняются настройки по-умолчанию после установки ISPmanager.

В конфигурационном файле Nginx: /etc/nginx/nginx.conf
необходимо увеличить значение директивы client_max_body_size
После перезапустить: /etc/init.d/nginx restart

[root@mj80 ~]# cat /etc/nginx/nginx.conf | grep client
        client_max_body_size 100M;

Также в конфигурации Apache:

[root@mj80 ~]# cat /etc/php.ini | grep upload_max
upload_max_filesize = 100M

[root@mj80 ~]# cat /etc/php.ini | grep post_max
post_max_size = 100M

Перезапуск: apachectl restart